Hos små barn, ved en hormonell abnormitet, kan behandlingen bestå av injeksjoner av Testosteron, hvis dosering og regelmessighet er satt av endokrinologen. Denne godt fulgte behandlingen øker størrelsen på penis. Når mikropenis er forårsaket av vev i penis som er ufølsomme for testosteron, har denne hormonbehandlingen ingen effekt.

Jo tidligere mikropenis oppdages, jo raskere blir behandlingen iverksatt, jo mer effektiv vil den være. Behandling kan også være nødvendig rundt puberteten. Etter puberteten er hormonbehandling ikke lenger effektiv fordi vevene ikke lenger reagerer på samme måte.

Kirurgisk behandling av mikropenis     

I voksen alder, når mikropenis ikke har blitt behandlet eller når behandlingen ikke har vært tilstrekkelig effektiv, kirurgi er mulig. Det gir imidlertid ikke alltid overbevisende resultater.

Seksjonen av leddbåndet suspenserende av penis, som går fra penis til pubis, kan tilbys. Den modifiserer ikke penis på noen måte, men løsner den delvis fra pubis, slik at den ser lengre ut. Den observerte gevinsten er 1 til 2 cm i slapp tilstand og 1,7 cm i ereksjon. Denne forlengelsen oppnås på bekostning av en ustabil erigert penis, siden den er dårligere festet til kjønnsorganet, noe som kan gjøre penetreringen mindre enkel.

denautolog fettinjeksjon innebærer å injisere forsøkspersonens fett under huden på penis. Dette forlenger ikke penis på noen måte, men visuelt gjør den tykkere. Bare en del av fettet som settes på plass absorberes ikke av kroppen over tid (10 til 50 % avhengig av motivet). Resorpsjonen kan være ujevn og føre til en "rosenkrans" penis.

Mikropenis kan ha betydelige psykologiske konsekvenser, spesielt i ungdomsårene, det er viktig at personen blir hjulpet og hans tvil tas i betraktning.