De sjokolade allergi er mulig selv om de er det rares. Det allergiske fenomenet i dette tilfellet kommer fra proteiner fra kakaoen. Den allergiske personen som bruker det, opplever da pustevansker, har hodepine, utslett, takykardi, kløe og en brennende følelse i magen.

Disse symptomene kan også observeres hos personer som er allergiske mot elementene som utgjør sjokolade (nøtter, melkeproteiner osv..), selv om de egentlig ikke er allergiske mot kakao i seg selv.